横須賀市特定優良賃貸住宅制度では、本来家賃の一部を「市」と「国」が補助するので、入居する方の負担する額（入居者負担額）が軽くなります。 この入居者負担額は、毎年一定率上昇し、初めて特定優良賃貸住宅として管理を開始した日（管理開始日）から20年で本来家賃と同額になります。 入居者負担額は、入居者の所得によって団地毎に3区分（3段階）又は、3区分（5段階）又は、4区分に分かれ、�T区分の方が入居者負担額が低く設定されています。家賃補助を受けるには、毎年所得に関する証明を提出し、その収入によって入居者負担額が決まります。 所得基準を超過した方や所得証明書未提出の方などには、家賃補助を行わないことがあります。 なお、本来家賃は、物価その他の経済事情によって、原則として2年ごとに見直します。
入居者負担額は、本来家賃に入居者負担率を掛けた額になりますが、その額が別に定められた最低入居者負担額を下回る場合は、最低入居者負担額が入居者負担額になります。（例えば、本来家賃118,600円、最低入居者負担額91,500円で入居者負担率65%の場合、118,600円×65%＝77,000円ですが、この額が最低入居者負担額より低いので、入居者負担額は91,500円になります。）
入居者負担率は管理開始から毎年一定の率上昇します。
例えば�T-1区分では、1年目の50%から始まり、2年目52.5%と毎年2.5%ずつ増えていき、20年目97.5%、21年目に100%になります。

敷金は、本来家賃の3ヶ月分です。（返還時に利子はつきません）礼金や更新料の必要はありません。共益費は共用部分の電気料、電球や蛍光灯・共用水栓の水道料金などの費用です。したがって、物価の変動や収支状況に応じて改定することがあります。なお、共益費の支払方法は、入居者負担額と合わせて金融機関に納めていただくことになります。また、駐車場の料金は別途有料となります。駐車場はオーナー管理の場合もありますので、あらかじめご了承ください。

入居後、毎年入居者負担額を決めるため、所得に関する証明を提出していただきますが、その所得を審査した結果、所得区分に変更が生じた場合は、入居者負担額及び補助額が変更になります。ただし、上の区分に変更するとき、（例�T→�U）は、すぐに新たな区分の入居者負担額及び補助額を適用するのでなく、3年間の経過措置（激変緩和措置）が講じられます。（ただし、�T-1→�T-2は激変緩和措置を行いません）また、�V区分の上限額を超える場合は、補助が打ち切られますが、1年間に限り本来家賃と従前の入居者負担額との差額の1/2を補助します。